Phoenix_NLME的远程Linux计算节点搭建

付永超 / 2019-06-19

Phoenix NLME可以将计算任务发送至远程的计算平台进行计算，来加速计算工作。发送至远程平台的方式又可以分为“NLME作业控制系统（NLME Job Control System）”和“Phoenix作业管理系统（Phoenix Job Management System，Phoenix JMS）”，本文仅针对前者“NLME作业控制系统（NLME Job Control System）”进行介绍。

1. 搭建“NLME作业控制系统（NLME Job Control System）”所需环境：

1.1 安装有Phoenix软件的Windows端：

操作系统：Window7，Window8.1，Window10,64位操作系统
所需软件：Phoenix8.1
所需许可证：拥有Phoenix NLME许可证（License）
系统语言：中文，英文等（参见Phoenix安装需求） IP地址：192.168.31.91
用途概述：作为NLME任务的构建，提交段，是计算任务的发起端。

1.2 接受任务的Linux主节点：

操作系统：CentOS Linux 7(我是用的是它，其他未测试过)
所需软件：

必须：GCC，R，ksh；
可选（我安装过程中遇到坑，认为一下也是需要的软件，但官方为列出的）：epel-release，libxml2-devel
R包： batchtools，XML，reshape，Certara.NLME8（从Phoenix的安装目录中获取）

所需许可证：Windows端有即可，Linux端无需额外许可证
系统语言：英文（安装过程可以使用中文的界面，但安装完成后用于接受”作业（Job）“的系统必须为英文，否则会因为Windows段的Phoenix无法识别返回的中文日期而发生错误）
IP地址：192.168.31.130
用途概述：在”MultiCore“模式下，该节点可用与执行NLME的任务，如果不是仅仅这台计算linux计算机作为计算节点，而是组成集群，则需要额外的软件，如：作业管理系统软件（SGE，TORQUE，LSF），如果组成组成并行集群，则需要安装并行化软件，如OpenMPI。本次搭建的系统仅用于在”MultiCore“模式下执行”作业“，在后续文章中将介绍”TORQUE“的搭建。

1.3 计算节点：

操作系统：CentOS Linux 7
所需软件：

必须：GCC，R，ksh；
可选（我安装过程中遇到坑，认为一下也是需要的软件，但官方为列出的）：epel-release，libxml2-devel
R包： batchtools，XML，reshape，Certara.NLME8（从Phoenix的安装目录中获取）系统语言：英文（安装过程可以使用中文的界面，但安装完成后用于接受”作业（Job）“的系统必须为英文，否则会因为Windows段的Phoenix无法识别返回的中文日期而发生错误）

所需许可证：Windows端有即可，Linux端无需额外许可证
系统语言：英文
IP地址：192.168.31.130
用途概述：”计算节点“与”接受任务的Linux主节点“可以是同一台计算机，也可以是不同的计算机，在”MultiCore“模式下必须是同一台，所以本例中”计算节点“与”接受任务的Linux主节点“是同一台计算机。

2. 安装过程

2.1安装有Phoenix软件的Windows端：

略，详情参见Phoenix的用户手册。

2.2接受任务的Linux主节点：

#在Linux中安装基础环境软件

yum install epel-release
yum install GCC
yum install R
yum install ksh
yum install libxml2-devel

#安装R的包

R
install.packages("batchtools")
install.packages("XML")
install.packages("reshape")
install.packages("Rmpi")
#install.packages("Certara.NLME8") #此包需要手动安装
q()

#导航至包含有Certara.NLME8_0.0.1.0000.tar.gz包的目录使用如下命令安装

R CMD INSTALL Certara.NLME8_0.0.1.0000.tar.gz

#启动远程访问服务

service sshd start

2.3计算节点：

本案例无需此节点。

3.组态（配置）

3.1接受任务的Linux主节点：

#不建议使用root账户执行作业（”None“和”MultiCore“可以使用root用户，作业管理模式不可以使用root用户，这是来自作业管理软件的限制），使用一下步骤新建Linux用户的账户

adduser devin
passwd devin #设置密码，此处我设置为a

#查找R软件的安装目录

[root@master ~]# which R
/usr/bin/R

#创建用于储存NLME发送过来的任务的目录，路径可更具需要更改，但要确保接受任务的账户（本案例中为devin账户）有权读写该目录

mkdir -m 777 /var/tmp/nlme

3.2安装有Phoenix软件的Windows端：

启动Phoenix，

以此在菜单栏点击 ”编辑（Edit）“→”首选项（Perferences）“→”远程执行（Remote Execution）“→”计算节点（Compute Grid）“，导航至”计算节点（Compute Grid）“配置页面，之后点击页面上的”增加（Add）“按钮新增一个配置

#各个文本框的填写说明

用户计算机名称（User machine name）：远程计算的名称，该名称将显示在Phoenix Model的“运行选项（Run Option）”选项卡上的选择框中。
启动脚本（Startup script）：在远程主机上执行的脚本，用于设置运行环境。
机器名称/IP地址（Machine name/IP address）：实际机器名称或其IP地址。
共享文件夹（Shared folder）：应用程序可以在远程计算机上写入结果/临时文件的位置。
机器类型（Machine type）：从Windows或Linux中选择。
R文件夹（R folder）：远程计算机上R的路径。
并行模式（Parallel mode）：如果机器类型为Windows，请选择None，MultiCore，MPI。如果机器类型是Linux，请选择None，MultiCore，MPI，TORQUE，SGE，SGE_MPI，TORQUE_MPI。
核心数（Number of cores）：此网格上可用的计算核心数。
用户（User）：登录主机的用户名。除非使用私钥文件，否则这是使用网格所必需的。
密码（Password）：登录主机的密码。除非使用私钥文件，否则这是使用网格所必需的。

#填写示例：

User machine name：test
Machine name/IP address: 192.168.31.130
Shared folder: /var/tmp/nlme
Machine type: Linux
R folder:/bin/R
Parallel mode:MultiCore
Number of cores: 2
User:devin
Password:a

4. 测试

启动Phoenix，

加载测试用的群体文件，如 C:\Program Files (x86)\Certara\Phoenix\application\Examples\NLME\Pheno.phxproj

选择其中的“Pheno Model”操作对象，然后导航至“运行选项（Run Option）”选项卡上的选择框中。

在“执行在（Execute on）”下拉框中选择“test”选项，点击Phoenix工具栏上的“执行（Execute）”按钮

略等20s左右，即可查看到返回的计算结果。

5. 错误排查

如果超过1分钟都没反应，那说明你的操作步骤中可能存在问题，可按如下步骤排查： 1.导航至Linux计算机上的“共享文件夹（Shared folder）” /var/tmp/nlme，查看其中是否有任何文件，如果没有请检查共享目录的设置与Linux账户的配置。

2.查看“共享文件夹（Shared folder）” 下以“DME_”开头的文件夹，在其中找到“NlmeRemote.LOG”文件，打开它了解报错的信息。

3.有时也可查看Windows端上Phoenix软件的Log日志尝试获取报错信息（在Phoenix菜单栏依次点击“帮助（Help）”→“查看日志（View Logs）”）。