对于2制剂多周期的重复生物等效性实验，其数据分析时协方差模型在sas或者Phoenix中选择的“因子分析”的类型（FA2），这给使用其他软件完成同样的工作造成了困难，比如

• SPSS软件就找不到这种类型的协方差模型，

• 在R语言中，有些包可以使用非线性混合效应模型进行分析，它们大部分也不能指定因子分析为协方差结构

• • nlme包的gls函数允许制定协方差模型，但未包含因子分析的包
  • lme4包不能指定因子分析为协方差结构
  • 目前有希望的是另一个线性混合效应的包MCMCLMER，它允许制定协方差结构，但语焉不详，所以待考察与测试
  • R语言的ARMM包可以实现将因子分析指定为协方差结构，但这是一个商业收费的包，不是免费的。