制药行业关于R的开源项目和参与组织
付永超 / 2022-09-18
前言：
制药行业
广义的制药行业包括早期的信号通路发现、基因测序与分析、分子对接、分子合成、生产放大、制剂，体外理化试验，体外ADMET试验，体内试验的PK、PD、TOX试验，转化医学，医学写作，临床试验设计，临床试验实施，临床试验监察，药物警戒，临床试验数据统计，临床试验数据分析，药物经济学，药品营销，上市后监测，依从性与个体化用药。
R程序语言
近年来R作为一种数据可视化的工具被广泛的应用于各种领域，制药行业也受其广泛影响产生了一系列的开源项目，以及一些积极参与的制药公司、数据分析公司、个人开发者等。
R所拥有的基本的功能：
• 数据统计分析（可以实现SAS绝大多数的功能） • 图表制作（ggplot2添加包是著名的代表作） • 静态文档与交互式网页生成（Rmarkdown、Shiny） • 面向对象的编程 基于上述的基本能力，R使用者衍生出了一系列的添加包，使得R进一步的被广泛的传播与应用。
此文目的：
我想记录下当前我所观察到的关于R语言在工业界的开源项目，便于以后翻找，也便于读者以我的视角了解当前R语言在制药行业的应用。
参与R语言社区贡献的组织
1.“R语言在制药行业”会议组织
英文名称：
R/Pharma Conference
中文名称：
暂无
网址：
rinpharma.com
组织自述：
该会议是一个相对较小的、面向科学和工业的学术活动，主要关注药物开发中R的使用。
笔者概述：
制药行业自行组织建立的R语言使用经验分享交流的社区，目前主要进在线上进行会议与活动，并且公开有过往历年的会议的PPT或者视频，参与此组织的制药组织分享有很多关于他们应用的经验，查看官网记录，此组织似乎是从2018年开始的。
主要成果：
有很多类型的使用经验分享，比如：R的验证与部署、使用R完成CDISC数据准备、临床试验结果的分析与可视化、生物信息学数据分析与可视化、试验设计模拟和分析
笔者点评：
这是一个大杂烩，可以通过它快速了解有没有你所感性趣的内容，然后进一步搜索。
2.诺华生物医学研究所开源清单
英文名称：
The Novartis Institutes for BioMedical Research (NIBR) Open Source
中文名称：
暂无
网址：
opensource.nibr.com github.com/Novartis
组织自述：
诺华生物医学研究所 (NIBR) 正在开创用于药物发现的新信息学工具。 我们相信开源、全球合作的力量会带来更大的利益。
笔者概述：
这是诺华公司自己的开源项目的展示网站，其中罗列了一系列的开源项目，并有其对应的github仓库；github仓库中一共有59个开源项目，其中13个使用的是R，其他项目使用了其它编程成语言比如Java、JavaScript、TypeScript、C、Jupyter等。
主要内容：
每个人所在经历不同所关注的地方也不同，我最近使用过xgxr项目的包这是一个用于将PK、PD、临床终点等数据可视化的包，感觉非常不错；对tidymodules也有兴趣，这是一个为Shiny包装了的面向对象特性的包；他们还开源了一系列生物信息学相关的包，但我不感兴趣。
笔者点评：
精良的开源项目！如果你不打算看完这份清单上所有的项目，那你就看看诺华的开源项目吧。
3.默沙东的开源清单
英文名称：
无
中文名称：
无
网址：
组织自述：
无
笔者概述：
一个默默的、贡献开源项目的参与者；github仓库中一共有52个开源项目，其中15个使用的是R，其他项目使用了其它编程成语言比如Java、JavaScript、TypeScript、C++、Jupyter、Julia 、Ruby、Perl 等。
主要内容：
他们开源的项目的重点围绕临床试验，包括临床试验模拟simtrial、CDISC数据准备metalite、试验设计gsdmvn、gsDesign2、数据分析bayesiansprt、图表导出至静态文档r2rtf等，初次之外同样也有关于生物信息学等其他主题的开源包。
笔者点评：
我没有使用过，没得评价，但从版本号观察，似乎都处于早期阶段。
4.辉瑞研发的开源清单
英文名称：
无
中文名称：
无
网址：
github.com/PfizerRD
组织自述：
共同编码，打造更健康的世界
笔者概述：
关注于早期药理与临床前研究的开源项目参与者；github仓库中一共有39个开源项目，其中2个使用的是R，其他项目使用了其它编程成语言比如Python 、JavaScript 、C++、Jupyter、MATLAB 等。
主要内容：
仅有的两个R的开源项目也是分叉自其他公司的项目。
笔者点评：
我没有使用过，没得评价。
5.罗氏开源项目清单
英文名称：
无
中文名称：
无
网址：
github.com/Roche
组织自述：
无
笔者概述：
一些琐碎的各种开源项目的参与者；github仓库中一共有54个开源项目，其中14个使用的是R，其他项目使用了其它编程成语言比如Java、JavaScript、TypeScript、C#、Jupyter、Ruby等。
主要内容：
有三个关于生存分析的包flexsurvPlus、gemtcPlus、MAIC，我计划未来尝试下；也有两个关于静态内容生成的包rpsftmPlus、rtables；一个ggplot增强工具ggtips，提供悬停提示功能；一个关于CDISC数据准备的包synthetic.cdisc.data。
笔者点评：
从版本号观察，R添加包的完成度很高；生存分析相关的包、ggtips等都看起来让人提起兴趣。
6.Atorus Research开源清单
英文名称：
无
中文名称：
无
网址：
github.com/atorus-research
组织自述：
无
笔者概述：
这是一个服务公司的开源项目，主要提供了关于表格和CDSIC数据准备的项目，因为有仓库中存在大量重复或关联的项目，所以不罗列数据了，其主要使用R。
主要内容：
简化临床数据摘要表制作的包Tplyr，CDISC数据准备的项目 CDISC_pilot_replication。
笔者点评：
我没有使用过，没得评价。
7.Metrum Research Group开源项目清单
英文名称：
无
中文名称：
无
网址：
github.com/metrumresearchgroup metrumrg.com/open-science/
组织自述：
无
笔者概述：
这是一个服务公司的开源项目，其专注于定量药理领域，所以其项目大多围绕此；github仓库中一共有123个开源项目，其中51个使用的是R，其他项目使用了其它编程成语言比如Go、C++、Julia、Ruby、MATLAB等。
主要内容：
mrgsolve这一用于PKPD模拟的ODE引擎是他们开发与开源的；pmplots是一个创建药理学中常用的探索性和诊断性图的包；bbr管理整个建模工作流程的包。 除了R包，他们也开放的有一系列免费在线课程、和一个储存有用户提交的模型的网站，这些模型可自由下载。
笔者点评：
这在本文的一系列开源组织中，最为有计划的进行开源项目贡献的贡献者，R包质量也很好(虽然我一个都没有使用过-.-!)，似乎是走工具开源服务收费的商业化路线。
8.瑞典乌普萨拉大学开源项目清单
英文名称：
无
中文名称：
无
网址：
github.com/UUPharmacometrics
组织自述：
无
笔者概述：
这是在定量药理学领域著名的学术研究机构之一，其贡献并维护了一系列的经典工具；github仓库中一共有8个开源项目，其中6个使用的是R，其他项目使用了其它编程成语言比如prel等。
主要内容：
xpose4，著名的基于NONMEM输出结果绘制图表的工具。
笔者点评：
其开发的工具包有人长期维护，质量很好。
后记
我计划未来会持续更新此文，以补充与汇集相关信息。 以上是基于兴趣搜索了解到的信息，难免所收录资料较为片面，甚至存在谬误之处。欢迎大家补充与指出。