第四章安装

你可以使用下述命令从CRAN安装到rxode2的正式版本：

install.packages("rxode2")

您可以使用下述命令安装rxode2的开发版本

devtools::install_github("nlmixr2/rxode2parse")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2random")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2et")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2ll")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2")

要使用rxode2构建模型，您需要一个可以工作的c编译器。要在rxode2中使用并行化线程求解，这个c编译器需要支持open-mp。

您可以使用下述命令检查R是否有可以使用的c编译器：

## install.packages("pkgbuild")
pkgbuild::has_build_tools(debug = TRUE)

如果您没有工具链，您可以根据您使用的的平台按照下面信息进行设置：

4.0.1Windows

在windows中，您可以简单地使用install r命令来安装rtools：

install.packages("installr")
library(installr)
install.rtools()

或者你也可以直接下载并安装 rtools。

4.0.2 Mac OSX

为了获得最快的速度，您需要启用OpenMP并使用该编译器编译rxode2。有各种各样的选择，关于这个的最新讨论可能是针对MacOS的data.table安装常见问答。 最后要记住的是rxode2使用的代码与原始的lsoda非常类似，这需要设置gfortran编译器和OpenMP编译器。

如果你要同时使用rxode2和nlmixr，并使用一台较旧的Mac电脑，我建议尝试以下方法：

library(symengine)

如果这使您的R会话崩溃，那么二进制文件不适用于您的Mac电脑。为了能够运行nlmixr，您需要手动编译这个包。我将继续假设您的系统上安装了homebrew 。

在您的系统终端上，您需要安装依赖项来编译symengine：

brew install cmake gmp mpfr libmpc

安装依赖后，您需要重新安装symengine：

install.packages("symengine", type="source")
library(symengine)

4.0.3Linux

要在linux上安装，请确保使用发行版的包管理器安装gcc(支持openmp)和gfortran。

4.1开发版本

由于rxode2的开发版本使用StanHeaders，您需要确保您的编译器已设置为支持C++14，如rstan设置页面所属。 对于R 4.0，我认为这不再需要修改windows工具链(因此设置起来要容易得多)。

正确设置C++工具链后，你可以使用下述命从GitHub安装开发版本：

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2parse")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2random")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2et")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2ll")
devtools::install_github("nlmixr2/rxode2")